NVIDIA 生成式人工智慧和加速運算開啟藥物探索和設計的新時代

NVIDIA BioNeMo 正在推動電腦輔助藥物探索生態系統的發展,目前擁有十多個生成式人工智慧模型和雲端服務
作者 Kimberly Powell

這也許是自運算出現以來醫療保健產業最引人劇烈的變革,數位生物學和生成式人工智慧正在幫助重塑藥物探索、手術、醫學影像和可穿戴設備。

十多年來,NVIDIA 一直在為這一時刻做準備,建立深厚的領域專業知識,創建 NVIDIA Clara 醫療保健專用運算平台,並擴展與豐富的合作夥伴生態系的合作。醫療保健客戶和合作夥伴每年直接或間接透過雲端合作夥伴消耗的 NVIDIA GPU 運算費用已超過 10 億美元。

在價值 2500 億美元的藥物探索領域,這些努力正在遇到一個轉折點:研發團隊現在可以在電腦內呈現藥物。

透過利用新興的生成式人工智慧工具,藥物探索團隊觀察到分子序列、結構、功能和意義等基本建構模組,使他們能夠生成或設計可能具有所需特性的新型分子。借助這些功能,研究人員可以篩選出更精確的候選藥物領域進行研究,從而減少昂貴且耗時的物理實驗需求。

NVIDIA BioNeMo 加速了這一轉變,這個生成式人工智慧平台,提供開發、客製化和部署藥物探索基礎模型等服務。

BioNeMo 被製藥、科技生物和軟體公司使用,為藥物研發提供了一種新型運算方法,使科學家能夠整合生成式人工智慧來減少實驗,有時甚至完全取代實驗。

除了透過 BioNeMo 開發、最佳化和託管人工智慧模型外,NVIDIA 還透過投資創新科技生物公司來推動電腦輔助藥物探索生態系統的發展,例如生物製藥公司 Recursion 為 BioNeMo 使用者提供其基礎模型之一,以及生物技術公司 Terray Therapeutics 公司正在使用 BioNeMo 進行人工智慧模型開發。

BioNeMo 為人工智慧加速的藥物發現帶來精確性

BioNeMo 擁有一系列持續擴展的預先訓練生物分子人工智慧模型,包括蛋白質結構預測、蛋白質序列生成、分子最佳化、生成化學、對接預測等。它還讓電腦輔助藥物探索公司可以透過易於取得的應用程式設計介面,向廣大受眾提供其模型,以進行推論和客製化。

藥物探索團隊使用 BioNeMo 來發明或客製化具備專有資料的生成式人工智慧模型,藥物探索軟體公司、科技生物公司、大型製藥公司也正在將 BioNeMo 雲端應用程式介面整合到提供藥物探索工作流程的平台中。BioNeMo 雲端應用程式介面將於本月推出測試版。

雲端應用程式介面現在將包括來自三個來源的基礎模型:由 NVIDIA 創建的模型,例如用於小分子生成的 MolMIM 生成化學模型;由全球研究團隊首創並由 NVIDIA 最佳化的開源模型,例如 OpenFold 蛋白質預測人工智慧; 以及 NVIDIA 合作夥伴開發的專有模型,例如用於嵌入細胞顯微鏡圖像的 Recursion 的 Phenom-Beta。

MolMIM 產生小分子的同時,也能讓使用者對人工智慧生成過程進行更精細的控制 – 識別具有所需特性並遵循使用者指定約束條件的新分子。例如,研究人員可以指導模型生成與給定與參考分子具有相似結構和性質的分子。

用於製藥的非凡人工智慧:Recursion Phenom-Beta 模型引入 BioNeMo

Recursion 是第一個透過 BioNeMo 雲端應用程式設計介面提供人工智慧模型的託管合作夥伴:Phenom-Beta 是一個視覺轉換器模型,可從細胞顯微鏡圖像中提取具有生物學意義的特徵。

這項功能可以為研究人員提供有關細胞功能的見解,並幫助他們了解細胞如何對候選藥物或基因工程做出反應。

Phenom-Beta在影像重建任務中表現出色,這是評估模型效能的訓練指標。
閱讀 NeurIPS 研討會論文以瞭解更多資訊。

Recursion使用該公司基於 NVIDIA DGX SuperPOD 參考架構的 BioHive-1 超級電腦,在 Recursion 公開的 RxRx3 生物影像資料集上訓練Phenom-Beta。

 

為了進一步開發其基礎模型,Recursion 正在使用 500 多個 NVIDIA H100 Tensor Core GPU擴展其超級電腦,這可將其運算能力提高 4 倍,以打造出有望成為由生物製藥公司所擁有和營運的最強大超級電腦。

企業如何採用 NVIDIA BioNeMo

越來越多的科學家、生物技術和製藥公司,以及人工智慧軟體供應商正在使用 NVIDIA BioNeMo 來支援生物學、化學和基因組學研究。

生物技術領導者 Terray Therapeutics 正在將 BioNeMo 雲端應用程式設計介面整合到其通用、多目標的結構結合模型的開發中。該公司還使用 NVIDIA DGX Cloud 來訓練化學基礎模型,驅動用於小分子設計的生成式人工智慧。

蛋白質工程和分子設計公司 Innophore 和 Insilico Medicine 正在將 BioNeMo 引入其運算藥物探索應用。 Innophore 正在將 BioNeMo 雲端應用程式設計介面整合到其 Catalophore 平台中,用於蛋白質設計和藥物發現。而作為 NVIDIA Inception 計劃的 Premier 成員,Insilico 已在早期藥物探索的生成式人工智慧管道中採用了 BioNeMo。

生物技術軟體公司 OneAngstrom 和系統整合商德勤(Deloitte)正在使用 BioNeMo 雲端應用程式設計介面為其客戶建立人工智慧解決方案。

OneAngstrom 正在將 BioNeMo 雲端應用程式設計介面整合到其 SAMSON 平台中,用於學術界、生物技術和製藥公司的分子設計。德勤透過在 NVIDIA DGX Cloud 上整合 BioNeMo 與 Quartz Atlas AI 平台,正在改變科學研究的方式。這種結合使生物製藥研究人員能夠擁有無與倫比的資料連接性和尖端的生成式人工智慧,推動他們進入加速藥物探索的新時代。