爭奪獎金:NVIDIA 基金會將提供 $25,000 美元獎金給 DREAM Challenge 活動最優秀的癌症研究人員

作者 Liz Austin

在由美國國家癌症研究院(NCI)的一組團隊於今年春季發起的「DREAM Challenge」活動裡,NVIDIA 基金會將頒發 $25,000 美元獎金,給運用蛋白基因體學(proteogenomics)最最有效對抗癌症的研究團隊。

DREAM Challenges 是一項以社群為基礎,研究人員和組織在個別領域裡攜手合作的競賽項目,。NCI 的臨床蛋白體腫瘤分析聯盟(Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium,CPTAC)號召世界各地的研究人員參加其在 DREAM Challenge 蛋白基因體學領域的研究競賽。

CPTAC 希望藉由群眾外包的方式,對該領域裡部分難解之謎找出最佳答案,且促進獲得對抗癌症的方法。

為何選擇蛋白基因體學?

癌症是一種基因疾病,基因突變的情況累積下來會造成蛋白質的形狀、數量和功能出現變化,即是在細胞內推動作用的蛋白質組(proteome),使得腫瘤生長、擴散和惡化。

瞭解如何以最佳方式分析癌症的蛋白基因體學,是一項相當重要卻又相對陌生的領域。

NCI-CPTAC 的 DREAM Challenge 活動有兩大重點,即使用一組 CPTAC 收集到的分子數據,預測個別蛋白質的豐富程度與預測細胞狀態,以推動研究發展。
目前在蛋白質體研究裡普遍缺乏資料,瞭解單一蛋白質相較於其它蛋白質的豐富程度,對研究來說可謂一大助力。更深入瞭解細胞特徵能推動生物標記發展,協助研究人員對細胞機能進行推論。

Compute the Cure 計畫

美國非盈利性生物醫藥研究機構 Sage Bionetworks 的 Synapse 系統將提供一組網路服務給研究人員,內有一個共同的 API,為競賽中用到的資料進行編建索引、查詢和存取等作業。Synapse 系統也可用於發表結果。

研究人員可通過 Google Cloud 使用我們的 Tesla K80 GPU 加速器,以加快其進度。NVIDIA 基金會也將藉由旗下促進對抗癌症的 Compute the Cure 計畫提供 $25,000 美元獎金,鼓勵研究人員參與 DREAM Challenge 活動。自 2011 年起,我們透過獎助金和員工募資活動捐出超過 300 萬美元在發掘癌症成因和治療方法上。

一份或多份說明 NCI-CPTAC DREAM Challenge 活動結果的手稿將提出給科學期刊《Nature Methods》,也會邀請參加競賽的人員在一場即將召開的基因學會議裡介紹自己的研究結果。